Leitung
Dr. Sébastien Boutin
In unseren Studien untersuchen wir den Zusammenhang zwischen dem Atemwegsmikrobiom und der Ausprägung chronischer Lungenerkrankungen. Dafür nutzen wir unterschiedliche Next-Generation-Sequenzierung (NGS)-Verfahren, wie Illumina- sowie Nanopore-Sequenzierung, deren Erkenntnisse wir mittels Culturomics-Verfahren kombinieren. Hierbei arbeiten wir mit der Sequenzierung von Amplikons, sowie metagenomischen und metatranskriptomischen Ansätzen (Fig 1.)
Lungenforschung - Projekte
1. Einfluss des Mikrobioms auf den Krankheitsverlauf bei chronischer Lungenerkrankung
Atemwegsinfektionen haben einen signifikanten Einfluss auf die Sterblichkeit von Patienten mit chronische Lungenerkrankung. Wir untersuchen in diesem Projekt, welchen Einfluss das Atemwegsmikrobiom auf den Erwerb und die Etablierung von Lungeninfektionen hat. Zudem sind wir daran interessiert, den Einfluss mikrobieller Faktoren auf Exazerbationen und die langfristige Abnahme der Lungenfunktion zu verstehen.
2. Analyseplattform des Mikrobioms mittels NGS oder Culturomics
Hierbei betreuen wir die Analyse von Mikrobiom-Daten im Rahmen von Projekten im Zusammenhang mit chronischen Lungenkrankheiten, bei denen das Mikrobiom als Biomarker von Interesse ist. Dabei bieten wir unsere Expertise in allen Arbeitsschritten von Probenentnahme bis hin zur Dateninterpretation an.
3. Erforschung und Entwicklung von Mikrobiom Protokollen
Moderne Techniken wie die Sequenzierung entwickeln sich fortlaufend weiter. Deswegen entwickeln wir unsere Protokolle ständig weiter, um diese auf dem aktuellsten Stand zu halten. Derzeit wird an der Entwicklung einer metatranskriptomischen Pipeline gearbeitet, um RNA-basierte Methoden dazu einsetzen zu können, die Rolle des aktiven Mikrobioms bei Lungenkrankheiten zu verstehen. Zudem erarbeiten wir Konzepte, um die quantitative Analyse des Mikrobioms zu verbessern und das Mikrobiom mittels Echtzeitsequenzierung zu untersuchen. Der Zeitgewinn durch diese Analyse könnte gerade in der Patientendiagnostik zur schnelleren Identifizierung und Resistenzbestimmung von Pathogenen eingesetzt werden und eine schnellere und effizientere Therapie ermöglichen.
