Eine wichtige Voraussetzung für das Gelingen einer Transplantation und für das Langzeitüberleben eines Transplantates ist die sorgfältige Überprüfung, ob Spender und Empfänger bezüglich ihrer Gewebemerkmale zueinander passen. Die dazu erforderlichen Laborleistungen für die Organ-, Stammzell- und Corneatransplantationen werden im transplantationsimmunologischen Labor (HLA-Labor) des Instituts für Transfusionsmedizin erbracht. Das größte Probenaufkommen wird durch die Kontrolle der HLA-Antikörper von Patienten auf der Warteliste für die Transplantation solider Organe verursacht. Vor einer Nierentransplantation müssen die Patienten jedes Vierteljahr untersucht werden, aber auch bei anderen Organen ist eine Kontrolle nach immunisierenden Ereignissen (z. B. Bluttransfusionen) sinnvoll. Zur Differenzierung der HLA-Antikörper stehen neben dem klassischen Lymphozytotoxizitätstest (LCT) auch weitere Verfahren, wie Bead array, Single-Antigen-Testung oder LCT mit B-Lymphozyten zur Verfügung, um eine Risikobeurteilung der HLA-Antikörper durchführen zu können. Auch nach der Transplantation nimmt die Untersuchung von HLA-Antikörpern zur Abschätzung des Abstoßungsrisikos eine immer größere Bedeutung ein.
Bei einer Stammzelltransplantation ist in der Regel eine möglichst weitgehende Identität der HLA-Merkmale zwischen Spender und Empfänger sinnvoll. Falls eine Stammzellspende durch einen Familienangehörigen geplant ist, erfolgt die HLA-Typisierung und die Beurteilung der HLA-Verträglichkeit durch das Institut für Transfusionsmedizin. Ebenfalls durchgeführt werden Typisierungen neuer Spender für die Stammzellspenderdatei des UKSH oder Typisierungen von Patienten zur Vorbereitung einer Stammzelltransplantation von einem Fremdspender, um geeignete Spender in den deutschen Stammzellspenderregistern suchen zu können.
Für die Untersuchung der postmortalen Organspender in Norddeutschland (Schleswig-Holstein, Hamburg und nördliches Niedersachsen) wird im Auftrag der Deutschen Stiftung Organtransplantation (DSO) ein spezieller Rufbereitschaftsdienst vorgehalten.