Die Mikroarray-basierte comparative genomische Hybridisierung (Array-CGH) ist ein molekulargenetisches Verfahren, um Verluste bzw. Zugewinne von chromosomalem Material nachzuweisen, die unterhalb der Auflösungsgrenze einer zytogenetischen Chromosomenanalyse liegen. Man spricht deshalb auch von molekularer Karyotypisierung. Für die Untersuchung werden die Patienten-DNA und eine Referenz-DNA mit unterschiedlichen Fluoreszenzfarbstoffen markiert und gemeinsam auf einem Array hybridisiert.
Die Diagnostik mittels Array-CGH setzt einen unauffälligen bzw. weiter abzuklärenden Befund einer zytogenetischen Chromosomenanalyse voraus. Als Indikation für eine Chromosomenanalyse gilt der Verdacht auf eine genetische Veränderung bei syndromalen oder seltenen Erkrankungen. Während durch die Chromosomenanalyse Veränderungen von etwa 5 Mb (Megabasen = 5 Millionen Basenpaaren) identifiziert werden, ist die durchschnittliche Auflösungen der Array-CGH 50 Kb (Kilobasen = 50.000 Basenpaare). Mitunter lassen sich auch Zugewinne oder Verluste in einem einzelnen Gen erfassen. Wenn in der Chromosomenanalyse eine strukturelle Chromosomenveränderung identifiziert wurde, kann sie durch die Array-CGH-Untersuchung genauer charakterisiert werden, was zur Abschätzung der Prognose wichtig ist. Die Analyse erfolgt auf einem 180K Array der Firma Agilent (Auflösung > 50 Kb). Balancierte strukturelle Aberrationen wie z.B. balancierte Translokationen oder Inversionen, Polyploidien sowie geringgradige Mosaike werden mit diesem Verfahren in der Regel nicht erfasst.