Die Zentrale Einrichtung Medizinaluntersuchungsamt und Hygiene hat die Arbeitsschwerpunkte Krankenhaus- und Umwelthygiene, speziell Wasserhygiene und Schimmelpilzdiagnostik.
Die Einrichtung ist hervorgegangen aus dem Hygiene-Institut der Christian-Albrechts-Universität, das bereits 1888 gegründet wurde, und ist zuständig für die zentralen Belange der Krankenhaushygiene, d. h. für die Erkennung, Verhütung und Bekämpfung von Krankenhausinfektionen sowie die Bearbeitung aller übrigen hygienischen Fragestellungen
Die Zentrale Einrichtung (ZE) betreut und berät neben dem Universitätsklinikum viele andere Krankenhäuser in Schleswig-Holstein und bis in den Hamburger Raum bei Hygiene-Problemen sowie bei Neu- und Umbauten und wird darüber hinaus oft im Rahmen der Amtshilfe von den Gesundheitsämtern bei der Überwachung von medizinischen Einrichtungen hinzugezogen. In der Funktion als Medizinaluntersuchungsamt führen die Labore der ZE Untersuchungen durch und beraten das Land Schleswig-Holstein sowie die Kreise und kreisfreien Städte in allgemeinen und speziellen Fragen der Hygiene.
Das Wasserlabor der ZE ist zugelassene und gelistete Untersuchungsstelle nach Trinkwasserverordnung und führt Schwimmbecken- und Badegewässeruntersuchungen durch. Das Spektrum der ZE umfasst weiter die Bereiche Krankenhaushygiene, Desinfektionsmitteltestung, Spurenanalytik und Schimmelpilzdiagnostik. Praktisch alle Untersuchungen der Labore sind durch die Deutsche Akkreditierungsstelle akkreditiert. Das umfangreiche Untersuchungsangebot steht dabei nicht nur dem UKSH und öffentlichen Stellen zur Verfügung, sondern wird auch von privaten Auftraggebern wegen der hohen Fachkompetenz gerne in Anspruch genommen.