Das ZSE Kiel umfasst das A-Zentrum mit koordinierenden Aufgaben für die Belange von Patienten mit seltenen und unerkannten Erkrankungen am Standort Kiel. Des Weiteren sind mehrere B-Zentren (Fachzentren) am Standort Kiel Teil des ZSE Kiel.
In den beteiligten Klinken und Instituten der Fachzentren werden Betroffene mit definierten seltenen Erkrankungen und unklaren Diagnosen betreut und behandelt. Die Erforschung der Ursachen und Therapien dieser Erkrankungen ist ebenso ein wichtiger Bestandteil der Arbeit des ZSE Kiel.