Das ZSE am Campus Lübeck wurde 2013 zunächst als universitäre Institution gegründet. Mit den zunehmenden Aufgaben am Standort Lübeck aber auch übergeordneten Aufgaben im UKSH wurde 2019 eine klinische Sektion Zentrum für Seltene Erkrankungen gegründet.
Das A-Zentrum am Standort Lübeck koordiniert und bearbeitet Anfragen von Patienten und Ärzten mit der Fragestellung ob eine seltene Erkrankung vorliegt und bei unklaren Erkrankungen. Ein wesentlicher Teil ist die Koordination und Durchführung von inter- und multidisziplinären Fallkonferenzen.
Am Standort Lübeck sind mehrere Fachzentren (B-Zentren) am ZSE beteiligt.
In den beteiligten Klinken und Instituten der Fachzentren werden Betroffene mit definierten seltenen Erkrankungen und unklaren Diagnosen betreut und behandelt. Die Erforschung der Ursachen und Therapien dieser Erkrankungen ist ebenso ein wichtiger Bestandteil der Arbeit der ZSEs.