Die Anlagenbuchhaltung verwaltet die gesamten beweglichen und unbeweglichen Anlagegüter des UKSH und der Tochtergesellschaften. Dazu gehört unter anderem die Buchung der Zugänge und Abgänge sowie die Aktivierung der Baumaßnahmen. Die Organisation und Durchführung von Anlageninventuren bildet ein weiteres Aufgabengebiet. Die Anlagenbuchhaltung ist generell ein Schwerpunktthema bei der Jahresabschlussprüfung durch die Wirtschaftsprüfer.