Die Aufarbeitung des Untersuchungsgutes von dessen Eingang bis zur feingeweblichen Untersuchung am Lichtmikroskop bedarf zahlreicher Schritte.
Zum Probengut gehören neben kleinen Biopsaten (z. B. aus endoskopischen Eingriffen) Probe Operationspräparate sowie seltener auch Amputate.
Die Gewebeaufarbeitung in unseren histodiagnostischen Laboren umfasst nach der Fixierung des Gewebes (mit 4 % neutral gepufferter Formaldehydlösung) die makroskopische Begutachtung bzw. den Zuschnitt der relevanten Gewebebezirke. Nach Entwässerung erfolgt die Einbettung des Gewebes in Paraffin, von welchem dann mit dem Mikrotom dünne Schnittpräparate erstellt und anschließend gefärbt werden. Die Standardfärbung Hämatoxylin-Eosin (HE) kann je nach Gewebetyp bzw. Fragestellung durch zahlreiche weitere Färbungen ergänzt werden.
Eine wichtige ergänzende Untersuchung ist hier Immunhistochemie, die auf der Antigen-Antikörper Reaktion beruht und Proteine oder andere Strukturen von Zellen sichtbar machen kann. Dadurch können Gewebeveränderungen (meist Tumore) diagnostisch besser eingeordnet werden. Ferner können hiermit bestimmte Zelleigenschaften direkt mit der Wirksamkeit von therapeutischen Molekülen, z.B. Herceptin bei Brustkrebs in Zusammenhang gebracht werden.