Im Zentrum der Forschung des Exzellenzclusters PMI stehen chronisch entzündliche Erkrankungen von Barriereorganen. Hierzu zählen chronisch entzündliche Darmerkrankungen (v.a. Morbus Crohn, Colitis ulcerosa), entzündliche Hauterkrankungen (Schuppenflechte, Neurodermitis), entzündlich rheumatische Erkrankungen (z.B. rheumatoide Arthritis, Lupus erythematodes, ankylosierende Spondylitis) und Lungenerkrankungen (Asthma, chronische Bronchitis) sowie Erkrankungen des Gehirns (z.B. Morbus Parkinson).